大きな万葉桜が見守る本丸が、真っ白な雪で覆われる頃――。
刀剣男士の大和守安定と加州清光は思い出話をしていた。
それは、自身が名刀・山姥切の本歌であるという“山姥切長義”が時の政府の指令により、
自分たちの本丸へ配属されてきたときのこと。
自身の写しである山姥切国広に対して挑発的な態度を取る山姥切長義と、彼に複雑な思いを抱く山姥切国広。そんな二振の気持ちを汲み取り仲間を支える加州清光に心の強さを見た大和守安定は、 加州清光にある提案をする。

とある本丸に夏がやってきた。
新たな刀剣男士も増え、さらににぎやかな日々を送っていた彼らに、審神者から伝令が言い渡される。
それはなんと“３日間の休暇”だった！
審神者の粋なはからいに喜ぶ刀剣男士たちは、お返しに休暇を過ごすみんなの姿を集めたアルバムを作ることに。
山でしたいこと、海でしたいこと……各々やりたいことを考える刀剣男士たち。
一方、大和守安定は修行で不在の加州清光のためにもアルバムを作ろうと考え、できるだけ多くの仲間たちの姿を写真に収めるため、みんなの休暇を見て回ることにした。

ある日、審神者が突然倒れてしまった――。
心配する刀剣男士たちをよそに、一向に目を覚ますようすがない審神者。
一方、審神者が倒れたことで時空転移装置が動かなくなり、遠征に出ていた三部隊が帰還できなくなってしまった。
本丸に連絡もできず、いつ戻れるかもわからぬまま、十八振の刀剣男士たちはそれぞれ平安時代・戦国時代・江戸時代で過ごすことを余儀なくされる。

一方、本丸に突然入電がくる。
告げられた特命は“歴史を改変されたまま、放棄されている世界”を調査しろというもの。
出陣先は幕末の世であった文久三年の土佐。
坂本龍馬の佩刀である陸奥守吉行を部隊長に、五振の刀剣男士たちは、歴史が改変されているという土佐へと向かう。
そこには、陸奥守吉行が知る土佐とは全く別の街並みが広がっていた。
彼らは先行して調査していた肥前忠広・南海太郎朝尊と合流し、
歴史を改変した首謀者を討つため奔走する。

花見酒ならぬ樹木見酒を満喫したり、木々を使っていろんなものを創作したりと、山ならではの楽しみを満喫する刀剣男士たち。
そんな様子を、写真に収めていた大和守安定は、髭切から一緒に鬼退治をやらないかと誘われる。
翌日、海へやってきた大和守安定。
こちらでも刀剣男士たちは、海でしか味わえない遊戯や、料理に興じていた。
はじめての夏休み、忘れられない光景が心に刻まれてゆく――

そのころとある本丸では、審神者が倒れたのはどうやら別の時代に出陣していた部隊が持ち帰った玉鋼がきっかけであることを突き止める。
しかしどうすれば審神者が意識を取り戻すのかは不明なまま……。
刀剣男士たちが困惑する中、この本丸の始まりの一振である加州清光は、クダギツネのこんのすけに審神者を目覚めさせるには“夢”の世界で審神者の心を解放しなければいけないと聞く。
そして加州清光は相棒である大和守安定と二振で、未知の世界へと出陣する。

とある本丸最大の危機に、刀剣男士たちが挑む！
三部作「特『刀剣乱舞-花丸-』～雪月華～」堂々の完結編!!